J'ai eu ce symptome avec une 530 D E39 voici 6 ou 7 ans. C'était une manuelle. Cela s'est aggravé ,en ce sens que mon changement de vitesse remontait à l'accélération, et ensuite retombait brusquement au relachement de pédale. C'était mes silent blocs de boite qui étaient arrachés, et donc la boite se détachait du chassis à chaque accélération... On ne pouvait voir le problème sans démonter les silent blocs.
La cause était un tuning du moteur (230 ch et 480 Nm au lieu de 184 et 390 Nm), qui a eu raison de cette pièce. Avis aux amateurs de "plus de puissance"... Cela m'a servi de leçon.