Pour avoir eu, entre autres, un M3 E36 3.2 et une 997 S, je me permets de donner mon humble avis sur la question.
Certes, la 996 est la "mal aimée" parmi les 911 pour plusieurs raisons mais à l'heure actuelle, c'est le meilleur rapport qualité/prix/performance dans la gamme Porsche. Il y a d'ailleurs eu il y a peu un comparatif 964/996 dans RS Magazine et celle qui remporte le comparatif n'est pas celle que d'aucun attendait ...
Oui, il y a eu et il y a encore des casses moteurs sur les 996 mais certaines sont dues à la mauvaise utilisation faite de la voiture. Pas toute, je l'avoue. Porsche a d'ailleurs fait pas mal d'évolution sur ce moteur depuis (notamment sur l'arbre intermédiaire, responsable de la plupart des casses non imputable au manque de soins des propriétaires) ce qui prouve, même s'il s'en défend, que le constructeur est conscient du problème.
Par contre, pas de soucis sur les BVM (les tiptronic sont à éviter car pas en adéquation avec l'image et l'utilisation d'une 911) ; juste un problème récurrent de joint spy (moins de 800 euros chez un spécialiste indépendant Porsche).
Attention qu'une 911 ne se conduit pas comme un M3, même s'il s'agit de la voiture de sport la plus utilisable au quotidien.
L'entretien d'une Porsche est plus cher que celui d'un M3 mais il faut aussi avouer que le service et l'accueil n'est pas non plus le même.
Une 911 gardera aussi une valeur toujours plus élevée qu'un M3 (à état et suivi identique).
Par contre, encore plus que chez BMW, la présence d'un historique complet et limpide est OBLIGATOIRE afin d'éviter que le rêve ne se transforme en cauchemar.
Bien sûr, une 997 est supérieur à une 996 mais le prix n'est pas non plus le même ...
Personnellement, à choisir entre une M3 E46 et une 996, pour moi il n'y a pas photo. Je prends la 996.
En ce qui concerne cette 996 en particulier, comme déjà dit en MP, demander l'historique, vérifier sur les factures ce qui a été fait dessus et faire au minimum un test piwi, au mieux un test clinic Porsche.