Je pense que le palier de transmission peux être en cause.
J'ai eu le même cas de figure il y a deux ans. Après ma reprog, j'avais des vibrations à bas régime, mais seulement en 5ème. (moi aussi je suis en boîte méca)
Pour ma part, j'ai remplacé:
-flector
-palier de transmission
-silent blocs de pont
Depuis RAS.